Como Migrar do Mendeley para o Zotero 7 em 2026 (Antes do EOL)

O Mendeley Desktop está em fim de vida (end-of-life) e, se ainda o estás a usar como gestor de referências para a tua tese ou dissertação, a migração para o Zotero 7 deixou de ser uma opção — é uma necessidade urgente. A Elsevier descontinuou progressivamente o suporte ao Mendeley Desktop em favor do Mendeley Reference Manager (cloud-first), mas este último não satisfaz as necessidades de utilizadores de tese: sem CSL para NP 405 ou ABNT NBR 6023, sem integração robusta com LibreOffice, e com sincronização limitada de PDFs.

O Zotero 7, lançado em agosto de 2024, trouxe um leitor de PDF nativo com anotações, sincronização melhorada, interface redesenhada e um ecossistema de plugins mais rico do que nunca. A migração é gratuita, demora menos de uma hora se seguires este guia passo a passo, e os teus anos de bibliotecas Mendeley ficam preservados — incluindo anotações PDF, coleções e metadados.

Por que migrar agora e não esperar

A Elsevier anunciou a descontinuação do Mendeley Desktop, migrando utilizadores para o Mendeley Reference Manager (MRM). O problema é que o MRM não oferece paridade funcional para utilizadores académicos sérios:

• Não suporta estilos CSL personalizados (indispensável para NP 405 e ABNT NBR 6023)
• A integração com LibreOffice é limitada ou inexistente no MRM
• O armazenamento gratuito de PDFs é de apenas 2 GB no MRM, inferior à opção gratuita do Zotero via WebDAV
• O MRM não suporta citações criadas com o Mendeley Desktop nas versões mais recentes do Word
• Não há equivalente ao Mendeley Desktop para uso offline completo

O Zotero 7, pelo contrário, é open-source, não pertence a nenhum publisher, tem uma comunidade ativa de plugins, e garante continuidade a longo prazo. É o gestor de referências mais utilizado em universidades portuguesas e brasileiras em 2026.

Antes de começar: o que precisas

• Conta Mendeley ativa com login (email + password) — não login institucional
• Mendeley Desktop instalado e atualizado para a versão mais recente disponível (necessário para a sincronização)
• Zotero 7 descarregado de zotero.org/download
• Conta Zotero gratuita criada em zotero.org/user/register
• Aproximadamente 30 a 60 minutos livres
• Ligação à Internet estável (necessária para a importação online)

Passo 1 — Fazer backup da biblioteca Mendeley

Antes de qualquer migração, faz backup da base de dados local do Mendeley. A base de dados do Mendeley Desktop está em:

• Windows: C:Users[utilizador]AppDataLocalMendeley LtdMendeley Desktop
• macOS: ~/Library/Application Support/Mendeley Desktop/
• Linux: ~/.local/share/data/Mendeley Ltd./Mendeley Desktop/

Copia toda a pasta para um local seguro (disco externo ou cloud pessoal). O ficheiro mais importante é o [email].sqlite — contém toda a sua biblioteca, anotações e metadados.

Passo 2 — Sincronizar tudo com os servidores Elsevier

O método de importação nativa do Zotero 7 usa os servidores Mendeley online, não a base de dados local. Por isso, todos os dados devem estar sincronizados com a cloud Mendeley antes da importação.

1. Abre o Mendeley Desktop
2. Vai a Editar → Preferências → Geral e verifica que “Sincronizar automaticamente” está ativado
3. Aguarda a sincronização completa — o ícone de sincronização no canto superior direito deve parar de rodar
4. Verifica que todos os PDFs estão sincronizados: Editar → Preferências → Ficheiros e Pastas → confirma que “Sincronizar ficheiros com Mendeley” está ativo e que o armazenamento está dentro dos limites
5. Se tens PDFs em pastas locais não sincronizadas, move-os para a biblioteca Mendeley antes de prosseguir

Passo 3 — Instalar o Zotero 7

1. Vai a zotero.org/download
2. Descarrega a versão para o teu sistema operativo (Windows, macOS, Linux)
3. Instala seguindo o assistente — não é necessário desinstalar o Mendeley Desktop previamente
4. Abre o Zotero 7 e cria conta ou faz login se já tens conta Zotero
5. Verifica que tens a versão mais recente: Ajuda → Verificar Atualizações

Passo 4 — Importar a biblioteca Mendeley

Este é o passo central da migração:

1. No Zotero 7, vai a Ficheiro → Importar
2. Seleciona “Mendeley Reference Manager (importação online)”
3. Clica em “Avançar”
4. O Zotero abrirá uma janela de browser para autenticação Mendeley — faz login com a tua conta pessoal Mendeley
5. Autoriza o Zotero a aceder à tua biblioteca Mendeley (a password nunca é armazenada pelo Zotero)
6. A importação inicia-se automaticamente — o tempo depende do tamanho da biblioteca (de minutos a 1-2 horas para bibliotecas grandes)
7. Aguarda a conclusão — não feches o Zotero durante o processo

Após a importação, verás a tua biblioteca Mendeley importada como uma coleção separada dentro do Zotero, com todas as sub-coleções preservadas.

O que é importado

• Todos os itens (artigos, livros, relatórios, etc.)
• Metadados (autores, títulos, DOI, ISBN, etc.)
• Anotações PDF (destacamentos, notas nas margens)
• Tags e grupos (coleções Mendeley)
• Notas de literatura

O que NÃO é importado

• Bibliotecas de grupo Mendeley (devem ser copiadas para biblioteca pessoal primeiro)
• Ficheiros PDF de grupos institucionais
• Citações criadas com Mendeley Cite (plugin Word moderno) — requerem relinking manual

Passo 5 — Recuperar e organizar PDFs

Após a importação, alguns itens podem aparecer sem PDF anexado, especialmente se os ficheiros não estavam sincronizados. Para recuperar os PDFs:

Opção A — Recuperação automática via Zotero

1. Seleciona os itens sem PDF (filtra por “Sem anexo” na caixa de pesquisa)
2. Clica com o botão direito → “Encontrar PDF disponível”
3. O Zotero tenta localizar e descarregar o PDF via DOI usando repositórios open access (Unpaywall, Sci-Hub via plugins, etc.)

Opção B — Import manual dos PDFs locais

1. Localiza a pasta de PDFs Mendeley no teu disco (geralmente em Documents/Mendeley Desktop/)
2. Arrasta os PDFs para os itens correspondentes no Zotero
3. Ou usa Ficheiro → Importar → PDFs para importação em lote

Plugin ZotMoov para gestão de PDFs externos

Se preferis manter os PDFs numa pasta fora do Zotero (ex.: sincronizada via Dropbox ou OneDrive), instala o plugin ZotMoov (disponível no GitHub). Este plugin permite mover os ficheiros Zotero para uma pasta personalizada e criar links relativos — útil para utilizadores com grandes coleções que excedem o armazenamento Zotero Cloud.

Passo 6 — Instalar plugins essenciais

O ecossistema de plugins do Zotero 7 é muito mais rico do que o do Mendeley. Para utilizadores de tese em português, estes são os plugins mais importantes. Para estudantes que gerem o tempo académico a par com responsabilidades profissionais, o artigo sobre como calcular o ROI e o tempo poupado com ferramentas de IA para tese nas universidades italianas oferece uma metodologia de cálculo aplicável a qualquer utilizador lusófono que queira avaliar o impacto real de investir nestas ferramentas:

Para instalar plugins no Zotero 7: vai a Ferramentas → Complementos → ícone de engrenagem → Instalar complemento a partir do ficheiro → seleciona o ficheiro .xpi descarregado do GitHub.

Passo 7 — CSL para NP 405, ABNT NBR 6023 e APA 7

Esta é uma das principais vantagens do Zotero sobre o Mendeley Reference Manager: suporte completo a estilos CSL personalizados.

Como instalar um estilo CSL

1. Vai a Editar → Preferências → Citar → Estilos
2. Clica em “Obter estilos adicionais” para pesquisar no repositório CSL (citar.org/styles)
3. Ou instala manualmente: descarrega o ficheiro .csl e vai a Editar → Preferências → Citar → + (adicionar estilo)

Estilos recomendados por norma

• NP 405 (Portugal): Pesquisa “NP 405” no repositório CSL. O estilo “Portuguese (Portugal)” ou “NP 405-1” costuma estar disponível. Se não encontrares, consulta o repositório de estilos CSL da biblioteca da tua IES (muitas têm versões adaptadas ao Acordo Ortográfico 1990).
• ABNT NBR 6023:2018 (Brasil): Pesquisa “ABNT” no repositório CSL — existem várias versões. O estilo mais completo e atualizado é o “Associação Brasileira de Normas Técnicas (ABNT)” mantido pela comunidade abntex2-CSL.
• APA 7th Edition: Pré-instalado no Zotero 7 por padrão.

Verificar funcionamento do estilo

Após instalar o estilo, cria uma citação de teste num documento Word ou LibreOffice e verifica a formatação. Em caso de erro, compara com a norma impressa — os estilos CSL podem ter bugs em casos especiais (ex.: autor corporativo, citação de lei, comunicação pessoal).

Passo 8 — Configurar sincronização (WebDAV ou Zotero Cloud)

O Zotero oferece duas opções de sincronização de ficheiros:

Zotero Cloud (opção mais simples)

• 300 MB grátis (suficiente para metadados e alguns PDFs pequenos)
• €20/ano para 2 GB, €60/ano para 6 GB
• Configuração: Editar → Preferências → Sincronização → Usar armazenamento Zotero

WebDAV (opção gratuita para grandes bibliotecas)

Usa qualquer servidor WebDAV (Box, pCloud, servidor institucional) para sincronizar os PDFs sem limite de espaço. Configuração:

1. Editar → Preferências → Sincronização → Armazenamento de ficheiros
2. Seleciona “WebDAV”
3. Preenche o URL WebDAV, utilizador e password
4. Clica em “Verificar servidor” para confirmar a ligação

A opção WebDAV mais popular em 2026 é o pCloud (500 GB grátis com WebDAV) ou o servidor WebDAV da tua universidade (muitas IES portuguesas e brasileiras fornecem espaço em servidores institucionais).

Passo 9 — Reinstalar plugin Word/LibreOffice/Google Docs

Após a migração, o plugin de processador de texto precisa de ser reinstalado ou ativado:

Microsoft Word

1. Vai a Ferramentas → Complementos → Processadores de Texto
2. Clica em “Instalar complemento Microsoft Word”
3. Abre o Word — deverás ver o separador “Zotero” na barra de ferramentas

LibreOffice

1. Vai a Ferramentas → Complementos → Processadores de Texto
2. Clica em “Instalar complemento LibreOffice”
3. O Zotero LibreOffice Plugin instala-se como extensão OpenDocument

Google Docs

O Zotero para Google Docs funciona através da extensão Chrome/Firefox “Zotero Connector”. Vai a Ferramentas → Instalar Conector do Zotero no menu do Zotero e instala a extensão no teu browser.

Religar citações Mendeley no Word

Se tens documentos Word com citações criadas com o Mendeley Desktop, o Zotero consegue religar essas citações automaticamente aos itens importados. O Zotero detecta e converte as citações Mendeley quando abrires o documento — segue as instruções que aparecem automaticamente no Word.

Passo 10 — Configurar mobile (iOS/Android)

O Zotero lançou as apps móveis nativas em 2025 (iOS e Android), com leitor de PDF, sincronização completa e adição de itens por código de barras ISBN/DOI.

1. Descarrega Zotero para iOS (App Store) ou Zotero para Android (Google Play)
2. Faz login com a tua conta Zotero
3. A biblioteca sincroniza automaticamente — os PDFs descarregam on demand
4. Para leitura offline, faz download dos PDFs que sabes que vais precisar antes de sair de casa

Resolução de problemas frequentes

Problema: duplicados após importação

É comum existirem duplicados quando o Mendeley tinha o mesmo item em múltiplas coleções. Usa a ferramenta integrada do Zotero: Ver → Duplicados → revê e funde manualmente. Para grandes bibliotecas, instala o plugin Zotero Duplicates Merger para automação parcial.

Problema: PDFs com anotações não importados

Se as anotações PDF não aparecerem no Zotero, verifica: (1) que os PDFs estavam sincronizados no Mendeley antes da importação; (2) que o item correspondente no Zotero tem o PDF corretamente anexado. Pode ser necessário reimportar os PDFs com anotações manualmente.

Problema: links quebrados para PDFs locais

Se os PDFs eram armazenados localmente (fora do Mendeley Cloud) e os links estão quebrados, usa o menu Editar → Preferências → Avançado → Ficheiros e Pastas → Base de dados para links de ficheiros para reconfigurar o caminho base.

Problema: erro de autenticação Mendeley durante importação

Se o login Mendeley falha com credenciais institucionais (SSO), vai a mendeley.com e adiciona uma password pessoal à conta. Usa essa password (não o SSO) na importação Zotero.

Problema: o Acordo Ortográfico aparece incorreto em metadados PT

Alguns titles de revistas e livros em Mendeley podem ter sido introduzidos com grafia antiga. No Zotero, podes editar esses campos manualmente. Para grandes bibliotecas, considera usar um script Python para correção em lote via a API Zotero — o Tesify disponibiliza um script de verificação ortográfica de metadados para utilizadores Pro.

Perguntas frequentes (FAQ)